Üniversitemiz, 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı Kanun’un Ek 22. maddesine göre Niğde Üniversitesi adıyla Selçuk Üniversitesi’ne bağlı olan Niğde’de bulunan Eğitim Yüksekokulu (1974) Eğitim Fakültesi’ne dönüştürülerek,  Niğde Meslek Yüksekokulu (1974) ve İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi (1987) ile Aksaray Meslek Yüksekokulu’nu (1986) bünyesine alarak kurulmuştur. Aynı Kanunla Üniversitemize bağlı olarak Niğde’de Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Fen Bilimleri Enstitüsü ile Aksaray’da İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Ortaköy Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.

Selçuk Üniversitesine bağlı olarak 1992 yılında kurulan Bor Meslek Yüksekokulu 1993 yılında Üniversitemize bağlanmış ve Niğde Zübeyde Hanım Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu (1993), Ulukışla Meslek Yüksekokulu (1994) ve Çamardı Meslek Yüksekokulu (1995) açılmıştır.

Üniversitemiz bünyesinde Aksaray’da Eğitim Fakültesi (1996), Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu (1996), Şereflikoçhisar Meslek Yüksekokulu (1997) ve Fen-Edebiyat Fakültesi (1999) açılmıştır.

Niğde Zübeyde Hanım Sağlık Yüksekokulu (1996), Bor Halil Zöhre Ataman Meslek Yüksekokulu (1999) ve Türk Musikisi Devlet Konservatuvarı (2000) kurulmuştur.

Üniversitemiz bünyesinde Aksaray ve ilçelerinde faaliyette bulunan bütün fakülte ve yüksekokullar, öğrenci ve personeliyle birlikte 2006 yılında kurulan Aksaray Üniversitesi’ne bağlanmıştır. 

Çamardı Meslek Yüksekokulu (2005) kapatılarak, bölümleri ve öğrencileri Ulukışla Meslek Yüksekokulu’na aktarılmıştır. Niğde Meslek Yüksekokulu 2009 yılında Niğde Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Niğde Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak ikiye ayrılmış ve 2010 yılında Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur. Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, 2010 yılında Mühendislik Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi olmak üzere iki ayrı fakülteye dönüştürülmüştür.  Ayrıca Eğitim Bilimleri Enstitüsü (2011), Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi (2011), İletişim Fakültesi (2011), İslami İlimler Fakültesi (2014), Tıp Fakültesi (2015) ve Güzel Sanatlar Fakültesi (2016) kurulmuştur.

Türkiye Cumhuriyeti Devletinin ve Türk Milletinin bekasına yönelik yapılan hain kalkışmayı önlemek için mücadele ederken şehit düşen Astsubay Kıdemli Başçavuş Ömer Halisdemir’in kahramanlığını ve adını gelecek nesillere taşıyabilmek, tarihe not düşmek amacıyla 7.09.2016 tarih ve 6745 sayılı Kanun’un 20. maddesi gereğince Üniversitemize, Ömer Halisdemir Üniversitesi adı verilmiş olup 1.07.2017 tarih ve 7033 sayılı Kanun’un 24. maddesi gereğince ilimizin ismi ilave edilerek Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi olmuştur.

Üniversitemize bağlı olarak Sağlık Bilimleri Enstitüsü (2018), Bor Sağlık Bilimleri Fakültesi (2018), Diş Hekimliği Fakültesi (2019) ve Beden Eğitimi ve Spor Bilimleri Yüksekokulu kapatılarak Spor Bilimleri Fakültesi (2019) kurulmuştur.

Halen Üniversitemiz 13 fakülte, 2 yüksekokul, 1 konservatuvar, 4 enstitü, 6 meslek yüksekokulu ve 15 araştırma ve uygulama merkezi ile eğitim- öğretim ve araştırma-geliştirme faaliyetlerini sürdürmektedir.